Uniwersytet Pedagogiczny im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie został powołany 11 maja 1946 jako Państwowa Wyższa Szkoła Pedagogiczna i podjął działalność dydaktyczną 25 października. Jest najstarszą uczelnią pedagogiczną w Polsce i konsekwentnie zajmuje pierwsze miejsce wśród uczelni pedagogicznych.
W początkowym okresie przygotowywał nauczycieli szkół podstawowych; cykl kształcenia obejmował 3 lata i kończył się egzaminem dyplomowym. Począwszy od roku akademickiego 1949/1950 rozpoczął również kształcenie nauczycieli szkół średnich i prowadził działalność w nowej strukturze organizacyjnej opartej na wydziałach. Równocześnie powołano instytucje i stanowiska akademickie: senat, rady wydziałów, rektora, prorektorów i dziekanów.
Od 1954 roku Uczelnia uzyskała status szkoły wyższej, w której studia trwały 4 lata, a absolwenci zdobywali pełne wykształcenie wyższe i dyplom magistra. Przemiany polityczne roku 1956 sprawiły, że Uczelnia otrzymała znaczną autonomię i po raz pierwszy dokonano wyboru Rektora, dotychczas mianowanego. Został nim prof. dr Wincenty Danek. Pod jego kierownictwem wkrótce nastąpił dynamiczny rozwój Wyższej Szkoły Pedagogicznej, który sprawił, że w środowisku oświatowym zyskała powszechnie opinię Uczelni przygotowującej wysoko wykwalifikowaną kadrę nauczycieli. Począwszy od roku akademickiego 1958/1959 studia przedłużono do 5 lat.
W 1959 Uczelnia otrzymała prawa nadawania stopnia naukowego doktora (literaturoznawstwo, językoznawstwo, historia, nauki o polityce, biologia, geografia, matematyka, pedagogika, sztuki piękne, fizyka), a w 1967 roku prawo przeprowadzania przewodów habilitacyjnych (literaturoznawstwo, językoznawstwo, historia, biologia)
W 1973 Wyższa Szkoła Pedagogiczna otrzymała imię Komisji Edukacji Narodowej.
Rok 1989 rozpoczął okres przeobrażeń ustrojowych i społecznych, stawiając przed środowiskiem akademickim nowe zadania, polegające na wypracowaniu modelu kształcenia i funkcjonowania w warunkach pełnej samodzielności i samorządności.
1 października 1999 roku weszła w życie ustawa o nadaniu Uczelni nazwy Akademia Pedagogiczna im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie, natomiast 20 listopada 2008 roku weszła w życie kolejna ustawa, tym razem nadając Uczelni nazwę Uniwersytet Pedagogiczny im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie.
